Фамилия является фонетическим вариантом фамилии АГАФИНОВ, и обе могут восходить к церковнославянским именам Агафа и Агафия, что наглядно просматривается на этимологических цепочках их образования (см. АГАФИНОВ):

АГАФЕНОВ < АГАФИНОВ < АГАФИН < Агафа;

АГАФЕНОВ < АГАФИНОВ < АГАФИН < Агафа < Агафия.

Зачастую слог -ин- в фамилиях на -инов выступает в безударном положении, что могло повлечь к смене его на -ен-: безударные е и и звучат почти одинаково, что не отражено в орфографии. Поэтому многие фамилии с конечным элементом -инов обнаруживают фонетических двойников  на -енов.   

Ударение в фамилии не регламентируется правилами русского языка, поэтому точно его определить затруднительно. Лучше уточнить у носителя фамилии. 

Женская форма фамилии – АГАФЕНОВА.

АГАФЕНОВ Фёдор Иванович.

Участник Великой отечественной войны.

Читать по теме:

- См. Библиография. 1. 

- См. Библиография. 2. Стр. 39.

- См. Библиография. 4. Стр. 278.   

 - См. Библиография. 6. Часть 3, стр. 167.

- См. Происхождение фамилий. 2.6., 2.6.1., 2.6.1.1., 3.1., 4., 4.1., 4.1.11.