Фамилия является фонетическим вариантом фамилии АГАТИНОВ, и обе восходят к церковнославянскому имени Агатин (см. АГАТИНОВ), что наглядно просматривается на этимологической цепочке их образования:

АГАТЕНОВ < АГАТИНОВ < Агатин;

АГАТЕНОВ < АГАТИНОВ < АГАТИН < Агатин.

Зачастую слог -ин- в фамилиях на -инов выступает в безударном положении, что могло повлечь к смене его на -ен-: безударные е и и звучат почти одинаково, что не отражено в орфографии. Поэтому многие фамилии с конечным элементом -инов обнаруживают фонетических двойников  на -енов.   

Ударение в фамилии не регламентируется правилами русского языка, поэтому точно его определить затруднительно. Ударение в фамилии лучше уточнить у её носителя.

Женская форма фамилии – АГАТЕНОВА.

АГАТЕНОВ Сергей Степанович.                                            

Участник Великой Отечественной войны.

Читать по теме:

- См. Библиография. 6. Часть 1, стр. 250.

- См. Происхождение фамилий. 2., 2.1., 2.1.1., 2.6., 2.6.1., 2.6.1.1., 3.1.