Фамилия является фонетическим вариантом фамилии ФИЛИНЫХ, и обе могут восходить к церковнославянским именам Фила, Филл, Филей, Филий и Филия  (см. ФИЛИНЫХ), что наглядно просматривается на этимологических цепочках её образования:  

ФИЛЕНЫХ <  ФИЛИНЫХ < Фила;

ФИЛЕНЫХ <  ФИЛИНЫХ < ФИЛИН < Фила;

ФИЛЕНЫХ <  ФИЛИНЫХ <  Фила < Фил < Филл;

ФИЛЕНЫХ <  ФИЛИНЫХ <  ФИЛИН < Фила < Фил < Филл;

ФИЛЕНЫХ <  ФИЛИНЫХ <  Фила < Фил < Филей;

ФИЛЕНЫХ <  ФИЛИНЫХ <  ФИЛИН < Фила < Фил < Филей;

ФИЛЕНЫХ <  ФИЛИНЫХ <  Фила < Фил < Филий;

ФИЛЕНЫХ <  ФИЛИНЫХ <  ФИЛИН < Фила < Фил < Филий;

ФИЛЕНЫХ <  ФИЛИНЫХ <  Фила < Филия; 

ФИЛЕНЫХ <  ФИЛИНЫХ <  ФИЛИН < Фила < Филия. 

Зачастую слог -ин- в фамилиях на -иных выступает в безударном положении, что могло повлечь к смене его на -ен-: безударные и и е звучат почти одинаково, что не отражено в орфографии. Поэтому многие фамилии с конечным элементом -иных обнаруживают фонетических двойников  на -еных.  

Фамилии с конечным элементом -их/-ых первоначально появились в северорусских районах, а затем были занесены  переселенцами на Урал и в Сибирь, где они прочно закрепились. Причём настолько прочно, что фамилии в данных регионах могли претерпевать повторную стандартизацию, где стремились привести к единому типу фамилий на -их/-ых фамилии с другими конечными элементами.

В фамилиях на -овых/-евых, ударение никогда не падает на конечный слог, тогда как в фамилиях на -иных оно зачастую на конечном слоге.  И всё же, ударение в фамилии лучше уточнить у её носителя.

Женская форма фамилии – ФИЛЕНЫХ. 

ФИЛЕНЫХ Арсен Леон.

Участник Великой Отечественной войны.

Читать по теме:

- См. Библиография. 1.

- См. Библиография. 2. Стр. 223.

- См. Библиография. 4. Стр. 258, 259, 371.

- См. Библиография. 6. Часть 3, стр. 32, 233.

- См. Происхождение фамилий. 2.6., 2.6.3., 2.6.3.1., 3.1., 4., 4.1., 4.1.8., 4.1.11.