Фамилия является фонетическим вариантом фамилии КОЛИНЫЙ, и обе могут восходить к церковнославянским именам Колия, Колой и Колуй, что наглядно просматривается на этимологических цепочках их образования (см. КОЛИНЫЙ):

КОЛЕНЫЙ < КОЛИНЫЙ < Кола < Кол < Колия;

КОЛЕНЫЙ < КОЛИНЫЙ < Кола < Колия;

КОЛЕНЫЙ < КОЛИНЫЙ < Кола < Кол < Колой;

КОЛЕНЫЙ < КОЛИНЫЙ < Кола < Кол < Колуй. 

Зачастую слог -ин- в фамилиях на -иной/-иный выступает в безударном положении, что могло повлечь к смене его на -ен-: безударные е и е звучат почти одинаково, что не отражено в орфографии. Поэтому многие фамилии с конечным элементом -иной/-иный обнаруживают фонетических двойников на -еной/-еный.   

Ударение в таких фамилиях обычно совпадает с правилом современного русского языка для прилагательных: -ой – всегда ударный, -ый – безударный. И всё же ударение в фамилии лучше уточнить у её носителя.

Женская форма фамилии – КОЛЕНАЯ.

КОЛЕНЫЙ Никита Ефремович.

Участник Великой Отечественной войны.

Читать по теме:

- См. Библия. Иер. 29:21.

- См. Библиография. 6. Часть 3, стр. 41, 222.

- См. Библиография. 9. Стр. 192.

- См. Происхождение фамилий. 2., 2.2., 2.2.1., 2.2.1.3., 4., 4.1., 4.1.8., 4.1.11.