Фамилия является фонетическим вариантом фамилии ЛЕОНИНОВ, и обе могут восходить к церковнославянским именам Леонин и Леония, что наглядно просматривается на этимологических цепочках их образования (см. ЛЕОНИНОВ):

ЛЕОНЕНОВ < ЛЕОНИНОВ < Леонин;

ЛЕОНЕНОВ < ЛЕОНИНОВ < ЛЕОНИН <  Леонин;

ЛЕОНЕНОВ < ЛЕОНИНОВ < ЛЕОНИН < Леона < Леония.  

Зачастую слог -ин- в фамилиях на -инов выступает в безударном положении, что могло повлечь к смене его на -ен-: безударные е и и звучат почти одинаково, что не отражено в орфографии. Поэтому многие фамилии с конечным элементом -инов обнаруживают фонетических двойников  на -енов.   

Ударение в фамилии не регламентируется правилами русского языка, поэтому точно его определить затруднительно. Ударение в фамилии лучше уточнить у её носителя.

Женская форма фамилии – ЛЕОНЕНОВА.

ЛЕОНЕНОВ Афанасий Устинович.                                        

Кавалер Ордена Красной Звезды.  

Читать по теме:

- См. Библиография. 2. Стр. 141. 

- См. Библиография. 3. Стр. 305. 

- См. Библиография. 6. Часть 2, стр. 141.

- См. Библиография. 6. Часть 3, стр. 223.

- См. Происхождение фамилий. 2., 2.1., 2.1.1., 2.6., 2.6.1., 2.6.1.1., 3.1., 4., 4.1., 4.1.11.