Фамилия образована от мужского имени Манаила, которое является производной формой имени Манаил: добавление окончания -а к мужским имена с конечными элементами -л, -лл, -йло, -ло после гласных, замещая окончание -о, если таковое имеется – один из способов формирования нового имени. Имя Манаила – результат модификации церковнославянского имени Манаил (см. МАНАИЛОВ), что наглядно просматривается на этимологической цепочке образования нового имени от прежнего, а от него – фамилии: МАНАИЛИН < Манаила < Манаил. 

Фамилия по происхождению является притяжательным прилагательным. Русский фамильный суффикс -ин, означающий отчество (матчество) либо принадлежность, добавляется к мужским именам или прозвищам оканчивающимся на -а или -я, замещая окончания, и ко всем женским именам и прозвищам независимо от конечного элемента, замещая конечные гласные и букву -ь, если таковые имеются. 

Ударение в фамилии не регламентируется правилами русского языка, поэтому точно его определить затруднительно. Ударение в фамилии лучше уточнить у её носителя.

Женская форма фамилии – МАНАИЛИНА.

МАНАИЛИН Александр Христофорович.

Участник Великой Отечественной войны. 

Читать по теме:

- См. Библия. Деян. 13:1.

- См. Библиография. 10. Стр. 809.

 - См. Происхождение фамилий. 2., 2.1., 2.1.3., 2.1.3.1., 4., 4.1., 4.1.8.