Фамилия является фонетическим вариантом фамилии МАРКИНОВ, и обе могут восходить к церковнославянским именам Марка и Маркия, что наглядно просматривается на этимологических цепочках их образования (см. МАРКИНОВ):

МАРКЕНОВ < МАРКИНОВ < МАРКИН < Марка;

МАРКЕНОВ < МАРКИНОВ < МАРКИН < Марка < Маркия.

Зачастую слог -ин- в фамилиях на -инов выступает в безударном положении, что могло повлечь к смене его на -ен-: безударные е и и звучат почти одинаково, что не отражено в орфографии. Поэтому многие фамилии с конечным элементом -инов обнаруживают фонетических двойников  на -енов.   

Ударение в фамилии не регламентируется правилами русского языка, поэтому точно его определить затруднительно. Ударение в фамилии лучше уточнить у её носителя.

Женская форма фамилии – МАРКЕНОВА.

МАРКЕНОВ Виктор Сергеевич.

Награждён медалью «За отвагу».

Читать по теме:

- См. Библиография. 2. Стр. 152.

- См. Библиография. 3. Стр.  314.

- См. Библиография. 4. Стр. 337, 338.  

- См. Библиография. 6. Часть 1, стр. 149. 

- См. Происхождение фамилий. 2., 2.1., 2.6., 2.6.1., 2.6.1.1., 3.1., 4., 4.1., 4.1.11.